เมื่ออายุครบอุปสมบทแล้ว เจ้าพระคุณ สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ทรงรับเป็นองค์อุปถัมภก โปรดจัดกาอุปสมบทให้ โดยพระองค์ทรงเป็นพระอุปัชฌายะ และทรงโปรดให้ เจ้าพระคุณสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ พระญาณวราภรณ์ เป็นพระกรรมวาจารย์ อุปสมบทกาลเมื่อวันที่ ๒๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๔๙ ณ พัทธสีมาวัดบวรนิเวศวิหาร
ในระยะแรกนั้น ท่านได้ศึกษาพระธรรมวินัยตามธรรมเนียมของภิกษุใหม่ในสำนักของสมเด็จพระอุปัชฌาย์บ้าง ในสำนักของสมเด็จพระกรรมวาจาจารย์บ้าง เกิดความศรัทธาเลื่อมใสในทางปฏิบัติ ความตั้งใจที่จะลาสิกขาออกไปศึกษากฎหมายเพื่อความเจริญในทางโลกจางไป จึงสละตำรากฎหมายและเครื่องแต่งกายที่เตรียมไว้จนหมดสิ้น คิดว่าเมื่ออยู่ในหมู่คณะครบ ๕ พรรษา ใด้นิสัยมุตก์แล้ว จะกราบทูลลาสมเด็จพระอุปัชฌาย์ ออกจากหมู่แสวงหาที่สงบ เจริญสมณธรรมตามอัธยาศัยต่อไป
แต่การมิได้เป็นไปตามที่ท่านคิด ทั้งนี้เนื่องมาจากพระโอวาทสมเด็จพระอุปัชฌาย์ ที่ทรงประทานแก่ พระมหาวัน วัดมกุฏกษัตริยาราม มีความเกี่ยวเนื่องคล้ายคลึงกับความนึกคิดและชีวิตของท่าน เมื่อใคร่ครวญไป ทำให้ต้องคำนึงถึงตัว ถึงความเป็นอยู่เนื่องด้วยผู้อื่น และอะไรต่ออะไรอีกหลายเรื่อง ที่สุดความที่ตั้งใจไว้ก็เป็นอันต้องระงับไปอีก ปลงใจว่าจะทำไปตามอำนาจแห่งเหตุ จึงยอมรับตำแหน่งฐานานุกรม ช่วยทำการงานของหมู่คณะ ตั้งใจศึกษาพระปริยัติธรรมจนแปลหนังสือได้ แต่ก็ไม่มุ่งหมายที่จะเข้าสอบเอาประโยคประธาน เพราะต้องการแต่เพียงศึกษาเพื่อคุ้มตัว และพอรับใช้ในหมู่คณะให้สมกับเวลาที่ผ่านไปเท่านั้น
เมื่อพรรษา ๙ ทรงโปรดให้ย้ายไปเป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดราชาธิวาส
ในเวลาต่อมาต่อมา ได้ทรงโปรดให้ย้ายกลับมาอยู่วัดบวรนิเวศวิหาร ด้วยทรงมีพระประสงค์จะส่งมาเป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศ์ ตามที่พระพินิตวินัย (แจ้ง ปิยสีโล) เจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศ์ สมัยนั้นทูลขอ ตามความละเอียดในพระมหาสมณลิขิต ที่ ๑๙/๑๐๐ ลงวันที่ ๑๘ มิถุนายน ๒๔๔๙
หน้าที่การงานเมื่อมาอยู่วัดสัมพันธวงศ์ เมื่อย้ายจากวัดบวรนิเวศวิหาร มาอยู่เป็นผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศ์ ในระยะแรกได้ทำหน้าที่สอนนักธรรมชั้นตรี - โท - เอก ตลอดจนสอนบาลีไวยากรณ์และแปลธรรมบทเบื้องต้น นอกจากนั้นได้จัดตั้งโรงเรียนราตรีสัมพันธวงศ์ สอนภาษาอังกฤษแก่เด็ก ๆ เป็นวิทยาทานด้วย
พ.ศ. ๒๔๖๐ พระพินิตวินัย เจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศ์ มรณภาพ ได้จัดการบำเพ็ญกุศล และขอพระราชทานเพลิงศพตามประเพณี ทรงโปรดให้เป็นเจ้าอาวาสวัดครองวัดสัมพันธวงศ์ ตั้งแต่ศกนี้เป็นต้นมาจนถึงมรณภาพ เป็นเวลา ๕๐ ปี
การปกครองในวัด ได้จัดในรูปกรรมการโดยมีท่านเป็นประธานกรรมการ นอกจากนั้นได้ตั้งเจ้าคณะ เจ้ากุฎี เจ้าหน้าที่ทำกิจสงฆ์ เจ้าหน้าที่การศึกษา ช่วยบริหารกิจการงานภายในวัด เป็นการฝึกหัดให้รู้จักทำหน้าที่ต่าง ๆ กันตามภูมิชั้นและความสามารถ
การศึกษาในวัด ท่านได้จัดการฟื้นฟูทั้งนักธรรมและบาลี จนมีเปรียญประโยคสูงเกิดขึ้นมาก นอกจากนั้น ได้จัดหลักสูตรสวดมนต์ให้ภิกษุสามเณรที่มาอยู่ใหม่ได้ท่องบ่นทรงจำ แล้วทำการสอบเดี่ยวสอบหมู่ให้ได้เสียก่อน จึงรับเข้าเป็นภิกษุสามเณรในวัด ได้จัดให้ภิกษุสามเณรตั้งแต่พระเถระจนถึงนวกะ หัดเทศน์ปฏิภาณ เมื่อเวลาทำวัตรเย็นแล้ววันละรูปตามลำดับ หลังจากนั้นได้จัดให้มีการปฏิบัติ คือเจริญสมถกัมมัฏฐาน วิปัสสนากัมมัฏฐาน วันละประมาณ ๒๐ - ๓๐ นาที เป็นอย่างน้อย
่
