เมื่อวันที่ ๒๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๔๙ ณ พัทธสีมาวัดบวรนิเวศวิหาร มีเจ้าพระคุณ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า ทรงรับเป็นองค์อุปถัมภ์ โปรดให้จัดการอุปสมบทให้ โดยพระองค์ทรงเป็นพระอุปัชฌาย์ และทรงโปรดให้เจ้าพระคุณ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ พระญาณวราภรณ์ เป็น พระกรรมวาจารย์

ฝ่ายสามัญศึกษา พ.ศ. ๒๔๒๖ - ๒๔๔๗ เรียนมัธยมศึกษาที่วัดสุทัศนเทพวราราม และสอบประโยค ๒ ได้ที่โรงเรียนวัดราชบูรณะ เป็นอันจบการศึกษาสมัยนั้น

ฝ่ายปริยัติศึกษา ท่านได้ศึกษาพระปริยัติธรรมในสำนักของสมเด็จพระอุปัชฌาย์บ้าง ในสำนักของสมเด็จพระกรรมวาจาจารย์ จนสามารถแปลหนังสือได้ดี แต่ก็ไม่มุ่งหมายที่จะเข้าสอบเอาประโยคประธาน เพราะต้องการแต่เพียงศึกษาเพื่อคุ้มตัว และพอรับใช้หมู่คณะให้สมกับเวลาที่ผ่านไป

พ.ศ. ๒๔๕๑
เป็นพระครูสมุห์
พ.ศ. ๒๔๕๔
เป็นพระครูอเนกสาวัน
พ.ศ. ๒๔๕๖
เป็นพระครูวินัยธรรม ฐานานุกรมในสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทั้ง ๓ ตำแหน่ง
พ.ศ. ๒๔๖๐
เป็นพระครูเจ้าอาวาสพระอารามหลวงที่ พระครูวิบูลย์ศีลขันธ์
พ.ศ. ๒๔๗๑
เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญที่ พระเนกขัมมมุนี
พ.ศ. ๒๔๗๔
เป็นพระราชาคณะชั้นราชที่ พระรัชชมงคลมุนี
พ.ศ. ๒๔๙๔
เป็นพระราชาคณะชั้นเทพในราชทินนามเดิม
พ.ศ. ๒๔๙๘
เป็นพระราชาคณะชั้นธรรมในราชทินนามเดิม
พ.ศ. ๒๕๐๓
เป็นพระมหารัชชมังคลาจารย์ (เทียบรองสมเด็จพระราชาคณะ)
พ.ศ.๒๕๐๖
โปรดสถาปนาขึ้นเป็นรองสมเด็จพระราชาคณะ มีราชทินนามตามจารึกในหิรัณยบัฏว่า

“พระมหารัชชมัคลาจารย์ วิมลญาณอุดม พรหมจารีพรตนิวิฏฐ์
พุทธศาสนกฤตยาทร ธรรมยุตติกคณิสสร บวรสังฆาราม คามวาสี
สถิต ณ วัดสัมพันธวงศ์วรวิหาร พระอารามหลวง”

พ.ศ. ๒๔๔๘
เป็นเลขานุการในพระองค์สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส
พ.ศ. ๒๔๕๕
เป็นเลขานุการพิเศษ ในการสอบธรรมสนามหลวง
พ.ศ. ๒๔๗๘
ตามเสด็จสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ไปดูการพระศาสนาในต่างประเทศมี ปีนัง ลังกา และอินเดีย
พ.ศ. ๒๔๙๙ นั่งหัตถบาสฉลองพระเดชพระคุณสมเด็จบรมบพิตร พระราชสมภารเจ้า เนื่องในคราวทรงผนวช
นอกจากนี้ที่ได้เป็นกำลังช่วงเหลือสนับสนุนให้มีวัดธรรมยุตขึ้นในจังหวัด เป็นครั้งแรก โดยให้สร้งวัดขึ้นหลาายวัด (ปัจจุบันมี ๑๙ วัด) และเป็นประธานสร้างอุโบสถใหญ่โตสง่างดงามขึ้นที่วัดสารนาถธรรมาราม อำเภอแกลง จังหวัดระยอง นับเป็นมหาปูชนียสถานเป็นที่เชิดหน้าชูตาของภาคตะวันออก

เมื่อวันที่ ๒๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๑๐ เวลา ๐๓.๑๐ น. ณ โรงพยาบาลพระมงกุฏเกล้าฯ พญาไท รวมสิริชนมายุได้ ๘๐ ปี ๑๑ เดือน ๑๓ วัน พรรษา ๖๑